Смята се, че църквата е построена през ХVII век, върху останки от по-стара култова сграда, която е била част манастир или скит. През вековете тя е престроявана и достроявана – камбанарията ѝ е направена след Освобождението. Стенописите в нея също са от два периода. В средата на XVII век тя е изцяло изографисана, според канона. През втората половина на ХIХ век върху старите стенописи са направени нови, значително по-слаби като изпълнение, колорит, композиция. Днес част от тях са премахнати и може да се види майсторската работа на зографите от късното Средновековие.
Църквата „Св. Николай Мирликийски – Чудотворец“ е построена на десния бряг на река Нишава, на километър и половина от центъра на село Гинци.